Die Schule in Holte "blickt" auf eine lange Tradition zurück.Zum ersten Mal urkundlich erwähnt wird eine Schule in Holte in einer Stiftungsurkunde des Knappen Jakob von dem Beele aus Haren aus dem Jahre 1316. Diese Schule ist somit die älteste Schule des Hümmlings. Der Unterricht fand vermutlich in der Küsterwohnung oder im Pfarrhaus statt. Er beschränkte sich hauptsächlich auf das Erlernen religiöser Texte und eventuell einigen Schreibübungen.
Schüler waren wohl nur die Söhne der Gutsherren und einiger Leibeigener. Sie wurden vom Pfarrer oder Küster unterrichtet. Über den genauen Standort sowie über den Namen der "Lehrer" ist nichts überliefert. Die Schule war eine reine Lehrschule; eine Betschule war ja wegen des Vorhandenseins einer Kirche überflüssig.

Danach hüllt sich die Geschichte einige Zeit im Dunkel. In der Reformationszeit soll der Sohn des evangelischen Pastors Matthias Fabntius alle Bücher, Akten und Urkunden entwendet und in Onswedde in Holland "verschachert" haben. So verschwanden wertvolle Dokumente.

Überliefert ist jedoch, dass in alter Zeit am Rande des "Leiweskamps" unter alten Eichen eine sehr kleine Schule gestanden hat. Die Wände dieses einräumigen Hauses waren so feucht und durchlöchert, dass der Lehrer und die Kinder vor Beginn des Unterrichts mit Moos die Fugen und Risse in den Lehmwänden schließen mussten, damit es nicht so zog. Unterrichtet wurde nur im Winter, da in den Sommermonaten die Kinder bei der Feldarbeit gebraucht wurden. Für das offene Feuer in der Mitte des Schulraumes brachten die Kinder pflichtgemäß jeden Tag zwei Stücke Torf oder Holz mit in die Schule. Der Unterricht beschränkte sich auf das Auswendiglernen von religiösen Texten, Bibelstellen und Katechismussätzen. Lesen lernte man anhand der mitgebrachten Urkunden und Prozessakten. Später wurde auch das Rechnen gelehrt. Dies beschränkte sich aber nur auf die vier Grundrechenarten. Lehrer dieser Zeit waren neben Pfarrer und Küster auch Bauernsöhne und in Holte Handwerker- und Kaufmannssöhne. Wer geschickt im Auswendiglernen von Texten und im Schreiben war, der konnte Lehrer werden. Die Schule Holte bildete die Hauptschule des Kirchspiels und der Lokalschulinspektion Holte. Die jeweiligen Geistlichen hatten die Aufsicht über die Schulen des Kirchspiels und das Amt des Lokalschulinspektor (Ortsschulrat) inne.Erst mit dem Schulgesetz 1919 ging die Schulaufsicht auf staatliche Stellen über, und im allgemeinen waren die selbstbewusster gewordenen Lehrer froh darüber, von der oft persönlichen Beaufsichtigung der Pfarrer befreit zu werden.

1784 war das Schulgebäude in einem solch desolatem Zustand, dass die Gemeinde beschloss, eine neue Schule auf dem Brink in Holte zu bauen.
Das neue einräumige und massive Schulhaus war nach 30 Jahren aber so stark verfallen, dass man 1815 gegenüber der "Oahle" eine neue Schule errichtete.

1928 wurde an gleicher Stelle wiederum ein neues Schulhaus und eine Lehrerwohnung gebaut. Schon 1938 musste die einklassige Schule wegen steigender Schülerzahlen zweiklassig geführt werden. Der Lehrer erteilte schichtweise vormittags und nachmittags Unterricht.

Auf Drängen des Bürgermeisters B. Hoffmann konnte 1955 mit dem Bau eines neuen Schulgebäudes "Am Walde" begonnen werden, das 1962 erweitert wurde. Die Schüler waren mittlerweile in 4 Klassen zusammengefasst (1+2, 3+4, 5-8 und 9). Ab Ostern 1963 galt folgende Einteilung: (1-3, 4-6, 7/8 und 9).Wegen der Raumnot wurde der Unterricht in den nächsten Jahren in 3 Gebäuden erteilt.

1970 wurde die Schule Holte zur Mittelpunktschule erklärt. In dieser Zeit erfolge auch der Bau des neuen, modernen Schulgebäudes. Die Errichtung einer Turnhalle und die Anlage zweier Sportplätze schlossen sich wenige Jahre später an.

Bis 2004 setzte sich die Schule aus Schulkindergarten, Grundschule, Hauptschule mit Orientierungsstufe und dem 10. Schuljahr zusammen. Zur Zeit besteht die Schule aus dem Schulkindergarten, der Grundschule und der Hauptschule einschließlich dem 10. Schuljahr.

Seit dem Schuljahr 2005/2006 ist die Schule eine Ganztagsschule. 

Durch die Einführung der Oberschule in Niedersachsen wurden zum Schuljahresende 2016/2017 die beiden letzten Hauptschulklassen entlassen.
Seit dem 1. August 2017 ist die ehemalige Grund- und Hauptschule eine reine Grundschule mit Schulkindergarten.